Continuação de Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance.Quatorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um terreno baldio pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas e as pessoas que Shinji sabe que são quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade Evangelion-01, ele é recuperado do espaço por Asuka e Mari, apenas para encontrar-se prisioneiro de Wille, uma facção militar liderada por seu ex-guardião Misato Katsuragi. Frios e amargos, seus ex-aliados o vêem com desconfiança e se recusam a apoiá-lo quando ele aceita as consequências de suas ações. Um Shinji magoado e confuso é resgatado de Wille por Rei e retornado ao quartel-general de Nerv. Lá, ele conhece e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece cordialidade e insight sobre o estado da guerra de Nerv com os Anjos. Mas a breve trégua de Shinji e Kaworu está na véspera de uma nova batalha, na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais anjos, mas antigos camaradas. Neste confronto amargo para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.
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